Tretje desetletje je bilo za novomeški kolesarski klub ponovno prelomno, saj so se kolesarji – dejali bi na krilih osamosvojitve – izredno izkazali in znova dokazali svojo kakovost in znanje tudi v zelo konkurenčnem mednarodnem okolju. Na ta način so – kot velja še danes – tako z vrhunskimi rezultati kot z organizacijo profesionalnih in rekreativnih kolesarskih dogodkov ogromno prispevali k mednarodni prepoznavnosti Slovenije. To obdobje so z vrhunskimi tekmovalnimi rezultati zaznamovali predvsem Boštjan Mervar, Bogdan Ravbar, Gorazd Štangelj, Matjaž Leskovar, Uroš Murn, Pavel Šumanov, Branko Filip, Martin Derganc in Sandi Papež.

Kolesarska zveza Slovenije je bila – tudi ob izdatnem angažiranju novomeških kolesarjev – v tem desetletju sprejeta kot polnopravna članica v Mednarodno kolesarsko zvezo UCI. S tem so bili postavljeni novi temelji razvoja kolesarskega športa v Sloveniji, kar je botrovalo tudi temu, da je bila v letu 1993 organizirana prva izvedba kolesarske dirke Po Sloveniji, ki danes velja za največji in mednarodno najbolj prepoznaven kolesarski dogodek pri nas, leta 1996 pa je Slovenija gostila tudi svetovno mladinsko kolesarsko prvenstvo, ki je bilo organizirano prav v Novem mestu. S tem sta Novo mesto in Slovenija pridobila kolesarski velodrom, ki je za celovito pripravo in treninge vrhunskega kolesarja izredno pomemben objekt in ki s paleto različnih disciplin daje možnosti in pogoje za nove kolesarske uspehe.

Prva dirka Po Sloveniji, organizirana v letu 1993, je bila izvedena v počastitev osamosvojitve Republike Slovenije in je imela sedem etap, kolesarji pa so morali prevoziti skupno 899,5 kilometra. Na veliko zadovoljstvo tako navijačev kot vodstva kolesarske reprezentance se je prva dirka zaključila sanjsko, in sicer s trojno zmago slovenskih kolesarjev – skupno zmago je osvojil Boris Premužič, drugo mesto je pripadlo Srečku Glivarju in tretje Gorazdu Štanglju. Že na prvi dirki so se slovenski kolesarji izkazali kot složna ekipa, ki je imela jasen cilj in željo – na domačih tleh in na prvi dirki vknjižiti zmago. To jim je uspelo tako v posamični kot v ekipni razvrstitvi, že prva dirka pa se je – kot velja še danes – zaključila na znamenitih granitnih kockah Glavnega trga v Novem mestu. Vito Divac, eden najbolj prepoznavnih in uglednih športnih novinarjev, je celovito poročal že o prvi dirki Po Sloveniji. Slikovno gradivo prikazuje članek z dne 10. maja 1993, objavljen ob zaključku prve dirke Po Sloveniji.

Poleg družbe Krka, ki je tradicionalno eden večjih promotorjev družbene odgovornosti in podpornikov športa v Sloveniji, je sponzor kluba postal tudi Telekom, klub pa se je posledično preimenoval v Kolesarski klub Krka - Telekom. Obe družbi sta sponzorsko tudi danes povezani z novomeškim kolesarskim klubom, kar dokazuje, da je ta s strokovnim in kakovostnim delom prepoznan in zaželen partner, ki s svojimi rezultati prispeva k prepoznavnosti in ugledu svojih sponzorjev. Na fotografiji Uroš Murn v zmagovalnem elementu v dresu tedanjega kluba Krka - Telekom.

Na temelju reorganizacije svetovnega kolesarstva oziroma kolesarskih kategorij in pravil, ki jih je leto prej uvedla UCI, se z letom 1997 prične tudi novo obdobje kolesarskega kluba: Krka - Telekom Novo mesto je bila prva slovenska kolesarska ekipa, registrirana kot Trade Team II pri Mednarodni kolesarski zvezi UCI. Za profesionalno člansko ekipo je v tem letu nastopalo 12 kolesarjev, ki so tako dobili možnost tekmovati z najboljšimi kolesarji sveta. Na fotografiji Pavel Šumanov, ki je v tem letu osvojil naslov državnega prvaka Bolgarije v cestni vožnji in kronometru in s tem postal prvi kolesar novomeške profesionalne ekipe, ki je vknjižil zmago na uradnih dirkah koledarja Mednarodne kolesarske zveze UCI.

Mednarodna kolesarska zveza UCI, ustanovljena leta 1900 v Parizu v Franciji, je vodilna svetovna organizacija za kolesarstvo. Njena primarna naloga je skrb za razvoj kolesarstva v vseh njegovih oblikah in za vse ljudi: kot tekmovalni šport, zdravo preživljanje prostega časa, trajnostno prevozno sredstvo, pa tudi kot način zabave. Po osamosvojitvi Republike Slovenije je ob aktivnem sodelovanju in pomoči novomeških kolesarjev v letu 1992 tudi Kolesarska zveza Slovenije postala članica UCI in s tem doživela mednarodno priznanje.

Dvaindvajsetletni Gorazd Štangelj je v letu 1995 za novomeški kolesarski klub privozil naslov državnega prvaka v cestni vožnji, ki je bila takrat organizirana na Ptuju. Vrhunsko formo je sicer pokazal že v začetku leta, ko je osvojil skupno tretje mesto na dirki Po Normandiji, odlično pa se je odrezal tudi na evropskem prvenstvu, kjer je v kategoriji U23 dosegel 19. mesto.

Novomeški kolesarji so na državnem prvenstvu, kjer se je vedno znova odvijal trd boj med slovenskimi ekipami, vnovič potrdili svoj primat in status najuspešnejšega kolesarskega moštva, ko so v cestni vožnji osvojili vse tri medalje v članski kategoriji – zmago je slavil Bogdan Ravbar pred Sandijem Papežem in Boštjanom Mervarjem. Ob tem velja dodati, da je bilo prav zdravo rivalstvo med kolesarskimi ekipami tisto, ki je kontinuirano prispevalo k vse večji kakovosti in razvoju slovenskega kolesarstva. K uspehom Novomeščanov so tako – vsaj posredno – pripomogli tudi konkurenčni klubi v Sloveniji.

Članska profesionalna ekipa, ki je v tem letu tekmovala pod imenom Krka - Telekom STM, je štela skupno 15 kolesarjev, ki so v tem letu nanizali številne uspehe in so bili na slovenskih cestah skoraj nepremagljivi. Eden vrhuncev je bila nedvomno trojna zmaga na dirki Po Sloveniji, ki jo je prvič osvojil Novomeščan Branko Filip, drugo oziroma tretje mesto pa sta za Novomeščane priborila Gorazd Štangelj in Pavel Šumanov.

Uroš Murn je bil edini predstavnik novomeškega kluba, ki je leta 2000 kot član slovenske olimpijske reprezentance nastopil na olimpijskih igrah v Sydneyju, kjer je v cestni vožnji zasedel zelo dobro 32. mesto.

Med odlične nastope, ki jih je članska profesionalna ekipa dosegla v tem letu, gotovo sodi tudi vnovična trojna zmaga novomeških kolesarjev na dirki Po Sloveniji. Zmago je tokrat za Novomeščane slavil Martin Derganc pred Vladimirjem Miholjevićem in Borisom Premužičem. Vrhunski rezultat je dopolnila tudi ekipna zmaga, ki je prav tako šla v roke članom novomeškega moštva, ki so premagali italijansko profesionalno ekipo Mapei.

Matjaž Leskovar je bil član novomeškega kluba, ki se je specializiral in tekmoval izključno na dirkališču, kjer je dosegel številne uspehe in vrhunske rezultate. V letu 2000 je tako osvojil kar tri naslove državnega prvaka, v vožnji na čas na 1000 metrov pa je postavil tudi nov državni rekord.